（1）学院办公室：承担办文办会、人事管理、设备管理、物业管理等职能，并负责其他行政部门间的统筹协调工作。
（2）研究生工作部：主要负责全日制硕博士研究生招生、研究生培养以及研究生管理等研究生相关职能工作。
（3）科研管理部：主要承担科研项目全过程管理服务、科研成果统计及信息管理、组织科研平台申报与评估以及协调科研活动合作交流等职能。
（4）财务部：主要负责预算管理、财务管理等职能。
（5）综合管理部：主要承担文件起草及宣传推广、协会管理、外事管理、保密管理以及物资采购等职能。
（6）国际交流办公室：主要负责学院中外合作办学项目的统筹协调工作，负责与中外合作办学相关的校内外部门沟通联系及相关活动组织，负责对外培训以及校友联络等工作。
（7）合作办学拓展部：主要负责已有合作办学项目的招生宣传及项目推介、新项目的开发开拓、合作办学相关文件起草等工作。
（8）合作办学教务部：主要负责合作办学项目的教学教务管理以及与外方学校管理团队的联络沟通等工作。
南开大学中国城市与区域经济研究中心是经济与社会发展研究院下设的教学科研机构，是“985工程”区域经济国家哲学社会科学创新基地的重要组成部分，主要培养区域与城市经济理论，区域产业分析，数字经济与区域创新，区域经济史，空间经济理论与应用等五大领域的高层次研究型和应用型人才，为政府部门、研究机构和相关企业从事的管理、研究和经营活动提供决策参考、理论支持和咨询服务。经过多年的努力，南开大学中国城市与区域经济研究中心已经形成了比较完善的学科体系，构建国内领先的区域经济学教学课题体系，涌现了一批高质量的学术成果，建立了较合理的研究梯队和科研机制，形成了广泛而密切的国际化学术交流网络。同时，积极面向国家和地区的重大现实需求，发挥决策咨询功能，高质量完成了一系列应用性研究课题，获得了良好的社会效益。
南开大学中国区域政策研究中心是经济与社会发展研究院下设的重要科研机构，以我国区域发展战略和区域发展政策实施过程中的重大经济问题为主攻方向，融合经济学、地理学、信息技术、系统工程等多学科理论工具，汇集国内外知名科研机构和专家学者构建开放式政策研究平台，利用计量经济模型、地理信息系统、大数据和人工智能等多种量化技术，开发具有区域政策效果预测、模拟分析、数据采集与定量评估的模块化信息系统与数据平台。南开大学中国区域政策研究中心通过不断创新区域政策研究的理论方法与工具，产出了一批具有学术影响力的高水平研究成果，并为中央政府区域战略顶层设计、地方政府区域政策实施效果以及政府项目投资预测等提供定量化咨询服务与分析评价，致力于成为国际一流的中国区域政策理论创新高地、国内领先的中国区域政策高端智库。
南开大学现代物流研究中心是唯一与国家发展改革委共建的国家级高校物流创新研究智库，拥有全国唯一自设的物流学博士授权点和天津市高校人文社科研究优秀重点基地，形成了涵盖学硕、专硕（含海外留学生）、博士和博士后的多层次人才培养体系和高峰人才引领、高原人才支撑的高水平多学科师资队伍，打造了集物流经济、物流管理、物流工程三位一体的物流学科体系和交叉融合、相互支撑的南开物流专业特色。连续20年代表中央政府向海内外发布的中国物流产业发展年度报告——《中国现代物流发展报告》，是中央政府持续打造的中国物流行业发展风向标。该报告总字数近600万字，发行近4万余册，引用达1.5万次，研究成果多次获得国家发展改革委、教育部、科技部、商务部等部门采纳和连续资助。该报告英文版是中国政府面向全球发布的中国物流发展权威文献，由世界最大科技出版公司Springer面向全球独家发行，已连续出版11部，下载量突破10万次，被美国斯坦福大学、澳大利亚国家图书馆、新加坡国立大学等国际科研机构收藏，已成为全球了解中国物流市场与政策的重要窗口和平台。
南开大学产业经济研究所是经济与社会发展研究院下设的教学科研机构，产业经济学科是国家重点学科，主要培养产业组织与政策、数字经济与产业发展、产业分析与效率、政府规制与反垄断、交通运输经济等领域的高层次研究型和应用型人才，为政府部门、研究机构及企事业单位的管理、研究和经营活动提供理论支持和决策咨询服务。产业经济研究所秉持“顶天立地”发展理念，重视对产业经济前沿理论和重大产业发展现实问题的追踪与掌握，历经多年发展，现已形成相对完善的学科体系，构建起国内领先的产业经济学教学科研体系，发表一批高质量学术研究成果，建立起较为合理的科研梯队，形成较为广泛的国际化学术交流网络。同时，产业经济研究所积极面向国家重大现实需求，承担多项国家重大课题研究，高质量完成国家多个部委和地方政府委托的应用性研究课题，成为国内有一定影响的政府产业政策孵化实践基地。
南开大学教育与产业区域发展研究中心由教育部与南开大学共同设立，是为发展人民满意的教育而建立的国家教育规划与战略领域的重要咨询机构。自2011年成立以来，在教育部教育规划与战略研究理事会和发展规划司的统一领导下，在我校领导的关怀下，中心紧紧围绕建设教育与经济社会发展领域一流智库、打造具有中国特色的高水平学术研究中心和国际科研合作基地这一战略目标，积极参与教育事业发展中的基础性、战略性重大问题的理论研究和实际调研，不断提高教育服务国家经济社会发展的能力和水平，推出了一系列颇具影响力的研究成果。中心全程参与了《现代职业教育体系建设国家专项规划》、《国家教育十二五规划》、《国家教育十三五规划》、《京津冀教育协同发展专项规划》、《制造业人才发展规划》等国家重大教育战略的制定和解读工作。中心精湛的业务素养与优异的成果品质彰显了南开大学的名校风范以及在教育与产业、区域发展研究方面的强大实力，有效发挥了国家教育发展智囊团的重要作用，得到教育部领导的充分肯定和高度赞扬。
南开大学交通经济研究所是国内综合性大学中最早设立的专门从事交通经济研究和教育的机构，1987年由联合国交通运输署高级专家桑恒康先生创立。主要研究领域包括区域交通与物流规划、交通运输产业分析与政策、投资项目经济评价和城市交通经济四大方向。交通经济研究所紧密跟踪理论前沿，基础理论研究能力日益增强，陆续承担了一大批国家社会科学基金、国家自然科学基金、教育部、科技部的重大科技攻关项目，如教育部人文社科重大项目、国家科技支撑计划项目、国家973项目等，交通所已逐渐占据中国交通基础理论研究的学术领先地位。在应用性研究方面，交通所直接参与国家发改委、交通运输部等部委的国家交通战略决策，主持了“十三五”交通运输发展面临的形势研究、“中国综合交通体系发展政策措施”等系列重大课题的研究工作，在科研成果转化和社会服务方面作出突出贡献。
南开大学企业研究中心面向地区经济与社会发展中产业组织与企业管理领域出现的新课题、新任务和热点问题、难点问题，发挥南开大学多学科和交叉学科的综合优势，开展跨学科、跨领域的合作研究。中心依托南开大学效率与生产率研究团队，与国外多所知名大学和研究机构建立合作研究网络，中心主任作为APPC（亚太生产率大会）中国委员，率领团队主办中国大陆地区首次APPC大会。该中心重点关注产业组织与企业组织领域的最新发展，包括产业组织理论、数字化与产业组织及创新、数字化与服务经济、企业组织与生产率、战略管理等研究。
南开大学物流规划与仿真实验室是经济国家级实验教学示范中心的重要组成部分，为学生提供物流微观运营仿真实验环境和物流宏观规划案例推演平台，提升学生综合物流素养和实践动手能力。实验室配备有Matlab、Cplex、Mapinfo、TransCAD、Arena、Flexsim等软件和计算机、服务器等硬件设备和Linux、Oracle、Mssql等数据库开发环境。实验室拥有丰富的物流园区规划项目案例，开设了《区域物流规划》、《物流运作管理与仿真》、《物流系统建模与优化》等校级研究生精品课程，正与京东物流、可口可乐、DHL等大型跨国公司、物流集团共建研发、实践基地和实验室。
南开大学中国区域经济应用实验室(China-REAL)是美国伊利诺伊大学香槟分校区域经济应用实验室(UIUC-REAL)在中国的唯一战略合作伙伴，是天津市首批普通高等学校社会科学实验室，也是教育部首批哲学社会科学重点实验室“经济行为与政策模拟实验室”的重要组成部分。实验室自主开发建设了中国城市经济社会大数据系统以及兼容R和Python的云计算平台，并以此构建了包括城市生活质量、城市营商环境、城市创新能力、区域协同发展等六类指数的中国城市发展指数，以期为中国城市与区域政策的制定及评估提供可靠的数据支撑与量化平台；同时，基于中国城市经济社会大数据系统的开发建设，实验室也积极推动量化空间经济分析、空间计量经济分析、城市空间大数据分析等实验教学课程的建设，以及城市经济社会大数据系统在政府咨询课题等社会服务领域的应用。
